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- 手艺流程
- 样本要求
De novo测序即对被测基因组停止重新测序及拼接、组装,从而得到全基因组单碱基精度序列图谱。相对全基因组重测序,De novo测序可以得到参考基因组序列中没有包罗的个别基因组“新序列”,可以对个别基因组停止更完好的解读,接纳全基因组De novo组装及信息阐发能够更好地协助理解个别遗传特性。全基因组序列图谱完成后,能够构建该物种的基因组数据库;为该物种的后基因组学研讨搭建一个高效的平台;为后续的基因发掘、功用考证供给DNA序列信息。
产物参数
生物信息学阐发内容
(1) 基因组组装:
i 组装;
ii GC-Depth散布阐发;
iii GC含量散布阐发;
iv 测序深度阐发;
v 常染色体地区笼盖度评价(需求客户供给BAC大概Fosmid序列);
vi 基因区笼盖度评价(需求客户供给EST大概转录组序列)。
(2) 基因组正文:
i repeat正文;
ii 基因猜测;
iii 基因功用正文;
iv ncRNA正文。
(3) 退化阐发:
i 基因家属审定(植物TreeFam,动物OrthoMCL);
ii b) 体系退化树构建;
iii 物种不合工夫预算(需求标定工夫信息);
iv 基因组共线性阐发;
v 全基因组复制阐发(植物WGAC;动物WGD)
送样要求
1. 样品范例: DNA
2. 样品需求量(illumina平台,单次):
300-500bp小片断PE文库> 5µg,
3K大片断MP文库> 20µg,
5K大片断MP文库> 30µg,
8K大片断MP文库> 40µg;
3. 样品浓度:
小片断文库 >50ng/µL;
大片断文库> 100 ng/µL。
4. 样品纯度:OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解,无污染。
5. 样品保留时期切忌重复冻融,送样时请利用冰袋或干冰运输。
Research Service
科研服务
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