De novo测序即对被测基因组停止重新测序及拼接、组装，从而得到全基因组单碱基精度序列图谱。相对全基因组重测序，De novo测序可以得到参考基因组序列中没有包罗的个别基因组“新序列”，可以对个别基因组停止更完好的解读，接纳全基因组De novo组装及信息阐发能够更好地协助理解个别遗传特性。全基因组序列图谱完成后，能够构建该物种的基因组数据库；为该物种的后基因组学研讨搭建一个高效的平台；为后续的基因发掘、功用考证供给DNA序列信息。

（1）       基因组组装：

i          组装；

ii         GC-Depth散布阐发；

iii       GC含量散布阐发；

iv        测序深度阐发；

v         常染色体地区笼盖度评价（需求客户供给BAC大概Fosmid序列）；

vi        基因区笼盖度评价（需求客户供给EST大概转录组序列）。

（2）       基因组正文：

i        repeat正文；

ii       基因猜测；

iii      基因功用正文；

iv      ncRNA正文。

（3）       退化阐发：

i        基因家属审定（植物TreeFam，动物OrthoMCL）；

ii       b） 体系退化树构建；

iii      物种不合工夫预算（需求标定工夫信息）；

iv      基因组共线性阐发；

v       全基因组复制阐发（植物WGAC；动物WGD）

送样要求

1.       样品范例： DNA

2.       样品需求量（illumina平台，单次）：

300-500bp小片断PE文库> 5µg，

3K大片断MP文库> 20µg，

5K大片断MP文库> 30µg，

8K大片断MP文库> 40µg；

3.       样品浓度：

小片断文库 >50ng/µL；

大片断文库> 100 ng/µL。

4.       样品纯度：OD260/280=1.8-2.0并确保DNA无降解，无污染。

5.       样品保留时期切忌重复冻融，送样时请利用冰袋或干冰运输。